O Fluminense conquistou o turno do Catarinense Série C e terá vantagem na 3ª Fase – Finais. As finais serão disputadas no sistema de confronto eliminatório, jogos de ida e volta. O Fluminense acumulou 23 pontos no somatório do turno e returno e terá vantagem nas finais.
A equipe que somar mais pontos ao final das duas partidas será campeã. Caso haja empate em número de pontos, a equipe com melhor saldo de gols ficará com o título. Persistindo o empate no saldo de gols, o Fluminense será declarado campeão. Apenas o campeão do Catarinense Série C ascenderá ao Catarinense Série B em 2017.