A operação Poseidon aconteceu com o apoio técnico do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa). Sete mandados de busca e apreensão foram cumpridos aliados à decisão judicial de suspender as atividades econômicas das empresas enquanto a diligência for realizada.
Durante as investigações, foram feitos exames periciais de identificação genética das espécies de peixes, realizadas por peritos federais do Instituto Nacional de Criminalística da Polícia Federal em Brasília. As espécies de peixes importados mais utilizadas na fraude, de acordo com a Polícia Federal, são alabote dente curvo, panga e polaca do Alasca. As espécies alabote dente curvo, solha e panga são rotuladas como linguado e a polaca do Alasca comercializada como merluza e até congrio.
Ainda durante as investigações, foi verificado que é comum as empresas rotularem coma denominação pescada um produto que, na realidade, é uma mistura de espécies sem valor comercial. Através da fraude, algumas empresas conseguem ganhar dinheiro em cima de espécies de baixo valor que seriam descartadas por serem desconhecidas ou não ter valor comercial.